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Avicenne, de son nom complet Abu 'Ali al-Husayn Ibn Abd Allah Ibn Sina, est né au mois d’août 980 à Afshéna, près de Boukhara, à l'est de la Perse (Transoxiane, c'est à dire en actuel Ouzbékistan). Son père était musulman chiite et sa mère probablement d'origine juive — il existe une controverse à ce sujet. Il semble qu'il fut précoce dans son intérêt pour les sciences naturelles et la médecine, qu'à 14 ans, il étudie seul. Il retient de mémoire l'intégralité du Coran. Il étudia à Boukhara, embrassa toutes les sciences, et s'adonna surtout à la médecine. Il est influencé par un traité d'al-Farabi, qui lui permet de surmonter les difficultés qu'il rencontre dans l'étude de la Métaphysique d’Aristote. Cette précocité dans les études se double d'une précocité dans la carrière : à 16 ans déjà, il dirigeait des médecins célèbres.

Tout alors s'enchaîne : ayant guéri le prince samanide de Boukhara, Nouh ibn Mansour, d’une grave maladie, il est autorisé à consulter la vaste bibliothèque du palais. Son appétit de connaissance aidant, il aurait possédé à 18 ans toutes les sciences connues. Après la mort du prince et celle de son père, qui le contraignent à gagner sa vie, commence sa vie itinérante. Il voyage d'abord dans le Khârezm, principauté qui fut indépendante (de 994 à 1231) au sud de la mer d'Aral, sur les deux rives du Djihoun (Amou-daria), entre Boukhara et la mer Caspienne. À Djouzdjan, un puissant protecteur, Abu Muhammed Chirâzi, lui permet de donner des cours publics. Il commence à composer son œuvre majeure, le Qanûn (ou Canon) de médecine.

Il passe ensuite par le Khorassan, actuel nord-est de l'Iran, puis Rayy (alors Rhagès, proche de l’actuel Téhéran), enfin à Hamadan (à l'ouest de l'Iran moderne) où l'émir Shamsoddawleh le choisit comme ministre (vizir). Il s'impose alors un programme de travail harassant: le jour, il se consacre à la chose publique, la nuit à la science. En plus de vivre deux carrières, il travaille doublement: il mène de front la composition du Shifa et celle du Canon médical ; la tâche est alors si écrasante qu'il doit se faire aider : deux disciples se partagent la relecture des feuillets des deux ouvrages, dont le fidèle Al-Juzjani, secrétaire et biographe.

La mort du prince Shamsoddawleh, et le début du règne de son fils, cristallisent les ambitions et les rancœurs : victime d'intrigues politiques, Avicenne connaît la prison. Déguisé en derviche, il réussit à s'évader, et s'enfuit à Ispahan, auprès de l'émir bouyide Alaoddawleh. Ces bouleversements n'entament pas sa boulimie de travail.

Il jouit d'une telle réputation, que plusieurs princes de l'Asie l'appelèrent à leur cour : le roi de Perse l'employa à la fois  comme vizir et comme médecin. Il cultiva aussi avec succès la philosophie, et fut un des premiers à étudier et à faire connaître Aristote. Il composa d'après ce philosophe des traités de logique et de métaphysique, où il se montre souvent penseur original.

Lors d'une expédition dont il faisait partie, de l'émir Alaoddawleh contre Hamadan, Avicenne est frappé par une crise intestinale grave, dont il souffrait depuis longtemps, et contractée, dit-on, à la suite d'excès de travail et de plaisir. Avicenne tenta de se soigner de lui-même, mais son remède lui fut fatal. Il mourut à l’âge, toujours précoce, de cinquante-sept ans au mois d'août 1037 (428 de l’hégire) après avoir mené une vie fort agitée et pleine de vicissitudes, épuisé à la fois par l'excès du travail et de la débauche.

La confession de la mère d'Avicenne n'est connue que par des sources secondaires. Si l'on peut supposer en première approche qu'elle est musulmane, certaines sources indiquent qu'elle était de confession juive : c'est le cas notamment dans Avicenne de Gilbert Sinoué. Si cette question a pu avoir peu d'impact sur la portée des travaux du savant qu'était Avicenne, elle pourrait néanmoins avoir eu une influence sur l'éducation qu'il aurait pu recevoir. Le sultan Mahmûd de Ghaznî aurait répandu cette information afin de « calomnier » le philosophe.

Avicenne, fin lettré, fut le traducteur des œuvres d’Hippocrate et de Galien, et porta un soin particulier à l'étude d'Aristote. Il s'inscrit dans un mouvement général qui vit les philosophes de culture islamique découvrir la culture grecque et la faire redécouvrir ultérieurement à l'occident.

Pour ce qui est, en revanche, des influences contemporaines, l'affaire est moins entendue. Avicenne était proche du chiisme ismaélien, le courant auquel appartenaient son père et son frère; d'ailleurs son autobiographie rapporte leurs efforts pour entraîner son adhésion à la dawat ismaélienne. Toutefois, le couvert que lui apporte les princes de Hamadan et d’Ispahan, chiites duodécimains, laisse à penser qu'il se serait rallié à cette obédience. Aujourd'hui, il serait fortement dénoncé par les wahabbites et les salafistes, nombreux parmi les musulmans sunnites.

Cette controverse est moins futile qu'il n'y parait. L'ismaélisme comprend d'importantes personnalités, telles que Abu Yaqoub Sejestani (Xe siècle), Abu Hatim al Razi (mort en 933), Hamid Kermani (vers 1017), ou Nasir e Khosraw (entre 1072 et 1077) dont le travail à fortement influencé la pensée dans l'Islam. Ainsi, la théorie des Dix Intelligences (voir plus bas), amorcée chez al-Farabi apparaît chez Hamid Kermani avant qu'Avicenne ne se l'approprie.

Le succès que rencontra son Canon fut tel que les travaux faits avant lui par Rhazès (850 - 926), Haly-Abbas (930 - 994) et Abu Al-Qasim (936 - 1013) ou même après, par Ibn-Al-Nafis (1210 - 1288), furent éclipsés. Les croisés, d'ailleurs, ne s'y trompèrent pas : du XIIe au XVIIe siècle, Le Canon de la Médecine, qu'il ramenèrent du Moyen-Orient, servit de fondement à la médecine pour les praticiens et à l'enseignement de celle-ci.

Tour à tour traduit, en latin par Gérard de Crémone entre 1150 et 1187, imprimé, en hébreu à Milan en 1473, puis à Venise en 1527 et à Rome en 1593, le Canon n'est contesté que tard, à la Renaissance : Léonard de Vinci en rejette l'anatomie et Paracelse le brûle. Mais au delà, c'est le réveil de la science européenne qui sonne son obsolescence (par exemple la description de la circulation sanguine par William Harvey en 1628).

Jusqu’en 1909 un cours de la médecine d'Avicenne fut donné à Bruxelles.

Avicenne brille dans les domaines de l'ophtalmologie, de la gynéco-obstétrique et de la psychologie. Il excelle dans la description des symptômes, décrivant toutes les maladies répertoriées à l'époque, y compris celles relevant de la psychiatrie